当食物一进入小肠，胰脏、肝脏和小肠肠壁都会分泌出消化液送到十二指肠。究竟是何种物质来负责它们之间的协调呢？当胃内的食糜进入小肠时，因食糜为酸性，就会刺激小肠内分泌素的分泌，而食糜中的蛋白质和脂肪就会刺激肠壁分泌胰外分泌素。它们经由血液循环来到胰脏和胆囊中，再由肝和胆囊控制消化液的释放。
许多重要的消化液都来自胰脏，正常人每天约分泌约毫升进入小肠中，而且大多数是在餐后进入小肠。胰液中还含有可以分解脂肪、
蛋白质和碳水化合物的酶，以利于下一阶段的消化。蛋白质分解酶分泌出来的时候是不具活性的，所以必须要先被活化之后才能够分解蛋白质。如果蛋白质分解酶是以活化的形态存在胰脏中，则胰脏内的蛋白质细胞将会惨遭分解，这就是为什么它必须以不活化的形式存在的原因。在十二指肠中布隆纳氏腺细胞会产生黏膜、水分和重碳酸盐离子，使十二指肠变成碱性，酶才能正常地运作，同时可以中和来自胃部的酸液。在李培昆氏腺窝中会分泌一种称为肠激动酶的物质，这种物质可以活化胰蛋白酶原成为胰蛋白酶，这个转变，同时又可以活化其他的酶，然后，巨大的蛋白质分子就可以被这些具有活性的酶分解、消化成多肽和氨基酸等小分子了。
因为脂肪微滴很小，再加上脂肪分解酶的分解，它们就可以通过小肠壁，进入乳糜管内。
淋巴就像血液一样具有流动性，但是淋巴液不含红血球故呈黄色。这些淋巴管会汇集到位于脖子的胸导管，在这里，淋巴液会进入主静脉，与血液混合进入心脏，然后随着血液循环运行到身体各处。利用这种方法，人体将脂肪运送到肝中的肝动脉，而不是像其他的食物一样进入腔门静脉中。
当肝脏无法产生胆汁、胆囊或导管受阻时，胆汁便无法释放进入十二指肠，脂肪的消化将会变得极为困难。胆汁不足时，蛋白质和碳水化合物的消化也可能会受到影响，因为无法消化的脂肪将会在食物表面形成薄层而阻隔了酶的作用。此时，食物就只能被部分消化，就离开小肠进入结肠。如此一来，许多必需的营养物质就无法被身体吸收，而且未消化的食物也会使人体滋生许多不需要的细菌，产生肠道的扰乱现象，如肠胃气胀和下痢等疾病。因为胰脏酶分解食物及脂肪的乳化作用都在小肠肠腔中进行，而氨基酸和糖类食物的最后处理阶段则发生在小肠肠壁的黏膜细胞。这些肠壁表层细胞的健康与否，也决定了消化、吸收是否正常。
小肠的每个微小突起均充满着微血管，这些微血管连接至肝脏、乳糜管而后到淋巴管。小肠壁经常做规律性的收缩,当小肠壁收缩时，装满食物的血液与淋巴液就会自绒毛进入循环系统中；而肌肉放松时，新的血液与淋巴液就会再度进入绒毛上的微血管.
血液在微血管中的流动速度是由心脏来控制，而淋巴液则是依赖肌肉的收缩，得以循环全身。一般而言，血液所能携带的食物要比淋巴液多。因为脂肪的消化速率远慢于蛋白质与碳水化合物，所以所摄取的脂肪，约有60%是由淋巴液负责运送，其余的部分，才由血液自腔门静脉携带至肝脏中。
大肠的主要作用之一就是保留水分。小肠肠道的肌肉如果收缩缓慢，食物停留在大肠的时间就会比正常情况长，这个时候就很有可能发生便秘。当肠道肌肉松弛时，只有少量的水分能被大肠回收，同时也会强迫食物快速地通过肠道，使得食物的消化吸收不完整。运动、正确的饮食、摄取足量的纤维与水分，便秘的情况就不会再发生了。
大肠中含有无数的细菌，有些则
对人体有益，可帮助体内合成维生素，而有些则会消耗体内的维
生素。乳酸菌它们可以帮助人体分解牛奶中的乳糖，乳糖分解后，会使肠中的值变酸，这种酸性
的环境就会促进肠吸收矿物质的能力，母奶会促进大肠中乳酸杆菌的生长喂食母奶的婴儿就较不易感染胃部的疾病。
